灰皮诺（Pinot Gris）和白皮诺（Pinot Blanc）
灰皮诺和白皮诺这两个属于皮诺家族的白葡萄品种在勃艮第虽然存在，却相当少见。依据法定产区的规定，理论上这两个品种在勃艮第是不能够单独装瓶的，只能够混合黑皮诺酿成红酒。有趣的是，这两个品种除了勃艮第丘（ Coteaux Bourguignon）外，不能用来生产白酒，也不能和霞多丽混合。这样的规定其实有历史脉络可寻。
过去，人们对红酒的品鉴并不像现在这么偏好颜色深、味道浓，反而特别喜爱柔和顺口的，有时甚至还会加水调和。在种植黑葡萄时，园中常会混种一些白葡萄，一起采收并混酿，让酿成的红酒更圆润可口。
如果添加的葡萄比例得当，白葡萄有定色的效果，反而可以让酒的颜色变得更深。黑白葡萄混种以酿造红酒，在历史上相当常见，如知名的特级园梧玖庄园在19世纪20年代之前曾经种植多达40％的白葡萄。
灰皮诺在本地又称为 Pinot Beurot，是黑皮诺的变异种，皮的颜色呈深粉红或浅红紫色，属早熟品种，和黑皮诺一起采收时经常已经过熟，所以口感甜美圆润，有浓郁的果味。白皮诺也是黑皮诺的变异种，在勃艮第比较常见的是夜丘区的 Henri Gourges酒庄发现并保留的突变种。
这和阿尔萨斯的白皮诺不太一样，香气较少，口感也比较坚实。虽然不被允许，但在勃艮第仍可找到一些100％的白皮诺或灰皮诺白酒，如夜圣乔治的一级园 Les Perrieres所产的酒。勃艮第北部的 Bourgogne Cote St. Jacques区也采用灰皮诺酿造相当独特的淡粉红酒（ vin de gris），酸味不高且圆润，颇为可口。
恺撒（Cesar）
勃艮第北部的欧歇瓦区也保留着一些相当少见的品种，如黑葡萄恺撒和 Tressot，以及白葡萄Sacy。其中以恺撒最著名， Tressort几乎消失，Sacy则只酿成气泡酒。
恺撒虽较为常见，但目前全勃艮第的种植面积仅有5公顷，主要在 Irancy村。恺撒据传为罗马军团引入但实为黑皮诺与GansfuBer的后代。葡萄树体颇强健，皮的颜色深黑，酿成的葡萄酒颜色深，风格粗犷，有相当多的单宁，涩味重，虽可久存，但不适合单独酿造，和黑皮诺混合之后可以变得柔和一点。在 Irancy产区最多只能添加10％的恺撒，以免破坏酒的优雅风味。
长相思（ Sauvignon blanc）
欧歇瓦靠近夏布利附近的St.Bris村也种植着不少长相思，现已成为法定产区，有100多公顷的种植面积。长相思是20世纪初才自卢瓦尔河产区引进的品种。
事实上，St.Bris村无论是在自然环境上还是实际距离上，都和卢瓦尔河的桑塞尔相隔不远，不过长相思在本地的表现还是以花草与热带水果香气为主，较少矿石与火药味，口感也来得清淡一些。
无性繁殖系
勃艮第的几个主要品种如黑皮诺、霞多丽和佳美都是有相当久远历史的品种，因为自然的基因变异，衍生出相当多的变种，这意味着即使同是黑皮诺或霞多丽，各变种之间也会有强烈的差异，诸如成熟期、产量、抗病能力、糖度的多寡、酸度的高低、果粒的大小等，各不相同。
这些品种如黑皮诺一般果粒小，产量不高，但也有一种称为 Pinot Droit的变种果粒大，产量高，质量平庸。除了品种自然产生的变异，也可通过人工选种，选育出具有不同特性的无性繁殖系。所谓无性繁殖系指的是所有新培育的幼苗全来自同一个母株，由于直接用藤蔓接枝进行无性繁殖，所以基因稳定，可以不断地复制。
为了改善勃艮第状况不佳的葡萄园，1955年 Raymond Bernard博士开始研究选育无性繁殖系，并成为全球霞多丽与黑皮诺选育的先驱，他先在葡萄园中通过多年的观察选出较健康的葡萄树，然后进行嫁接选种。法国于1962年也在地中海沿岸成立国家级的葡萄种植技术研究单位 ENTAV（原称为 ANTAV），与国家农业研究单位INRA以及地区性的研究单位一起选育不同特性的无性繁殖系。
到20世纪70年代初，霞多丽和黑皮诺都有人工选育成功的无性繁殖系。这些特性不同的母株都是经过多年的选种而成的通常抗病力强，产量稳定。每一个无性繁殖系都有一个编号作为辨认标志。
早期的无性繁殖系着重于抗病性与产量，不太注重质量；常常茂盛多产，酿成的酒较无特色。但近期已经出现从质量出发的无性繁殖系，酿成的葡萄酒有较佳的表现。目前质量较好的无性繁殖系黑皮诺有114、115、667、777和828等，霞多丽则有76、77、95、96、548、809、1066和1067，虽然无法达到完美，但比过去已经改善了许多因为要培养出一个稳定的无性繁殖系至少得十年以上的时间，所以进程相当缓慢。经过数十年的研究，包括黑皮诺、霞多丽和佳美葡萄在内，勃艮第有三四十种无性繁殖系可供葡萄农选择。葡萄农可以通过同时混种多种无性繁殖系增加葡萄的复杂度，也可避免基因特性过于单一的问题。
虽有人工选种的葡萄品种，但是也有非常多的酒庄继续采用传统的玛撒选种法。其方法并非采用单一母株，而是采用很多质量优异的植株，生成更多样的基因混合。通常酒庄先选定一片种有老树且质量佳的葡萄园，每年在园中观察，选出健康、产量稳定的葡萄树，然后在其靠近根部的地方绑上带子做记号。每年重复一次，不合格的即解掉带子，合格的则加绑一条。
几年之后，就可选出条件较好的葡萄树作为因仓库。等需要种新的葡萄树时，就可以选这些绑有多条带子的葡萄树的藤蔓来接枝。这样的方法虽然原始，需耗掉葡萄农许多时间，而且可能无法完全避免葡萄受病毒感染，但是，却具有保留葡萄传统基因的重要功能。
过去，玛撒选种法必须由酒庄自己做，但现在勃艮第葡萄种植技术协会（ATVB）与许多酒庄以集体合作的方式进行玛撒选种，选育出质量佳、稳定，而且不用太担心病毒感染的树苗。现在已经有多种通过玛撒选种法挑选出的霞多丽和黑皮诺品种供酒庄选择。
目前，在勃艮第有几个地方保留了这些不同的无性繁殖系，形成相当珍贵的基因仓库。在博恩附近的勃艮第葡萄种植技术协会种有不同时期选育出来的547种黑皮诺、72种霞多丽和26种阿里高特。Davaye在马贡内区的有344种霞多丽的无性繁殖系。在薄若莱的 SICAREX Beaujolais研究中心也保留着316种佳美葡萄的无性繁殖系。
