（一）甲醇
甲醇对人体危害极大。10g即可致人失明，30g就致人死亡。国家标准对甲醇的含量限制是：以谷物为原料的蒸馏酒中不得超过0.04g/100ml。甲醇的气味、性质都和乙醇相似，即便有较大甲醇存在于酒中时感官也不宜鉴别。
白酒中的甲醇主要来自原料中果胶物质。果胶物质分解时产生甲氧基，甲氧基经还原生成甲醇。所以使用含果胶质少的原料可减少成品中的甲醇含量。
（二）杂醇油
杂醇油的主要成分异戊醇、异丁醇、正丙醇等也是构成白酒香味的组成分，但当含量过高时，也会对人体造成毒害作用。杂醇油的毒性比乙醇的大，在人体内的氧化速度也比乙醇慢，在体内滞留时间长。饮用含杂醇油多的酒会引起头昏头痛，常饮这样的酒会对身体造成伤害。国际规定白酒中杂醇油含量不得超过0.15g/100ml。
杂醇油是酵母代谢氨基酸的产物。氨基酸脱酸生成酮酸，再脱羧生成比氨基酸少一个碳原子的醇。经该过程亮氨酸可以生成异戊醇，缬氨酸能生成异丁醇，苏氨酸生成正丙酸，络氨酸生成络酸。蛋白质含量对杂醇油的生成量有影响：在一定范围内，蛋白质含量高的原料生成杂醇油就多。但是当原料中蛋白质含量较少时，也就是氮源不足时，酵母菌可将糖代谢的中间物转化生成杂醇油。所以将原料蛋白质含量控制在一个适当的范围可以减少杂醇油的生成量。在蒸馏流酒过程中多掐酒头，可减少酒中杂醇油含量。
（三）重金属
铅是较常见的一种重金属，有很强的毒性。铅有积蓄作用，宜引起慢性中毒。国标规定白酒中铅含量不得超过1mg/L。白酒中的铅主要来源于蒸馏设备及贮酒容器。生产原辅料可能也会带入微量的铅。如果酒中铅含量超标必须进行处理。生石膏处理法：其原理是将酒中的铅生成硫酸铅沉淀而除去。方法是在酒中加入0.2%的生石膏搅拌均匀，静置2h带沉淀析出后过滤。碳酸钠处理法：原理是使酒中的铅生成碳酸铅沉淀而除去。碳酸钠加量约0.01%。
锰，虽然是人体必需的微量元素，但如过量摄入可引起机体中毒，锰的慢性中毒能使人体的中枢神经系统功能絮乱，出现头痛、记忆力减退、嗜睡等症状。国标规定白酒中锰含量不得大于1mg/L。采用高锰酸钾处理酒基是将锰带入酒中的主要原因。采用高锰酸钾处理氧化值超标的酒基是酒精工厂常用的方法。在这个过程中锰由七价变为四价，而锰原子价态越低毒性越大。所以大规模处理以前，必须做精确的实验确定高锰酸钾的加入量，不可过量加入量，不可过量加入。如果超量可采用精馏的方法除去。
（四）氧化物
如果使用木薯或者野生植物果实酿酒，有可能产生氰化物。尤以氢氰酸毒性最大，中毒轻的呕吐，腹泻，呼吸急促，重者呼吸困难、抽搐甚至昏迷死亡。国标规定：以木薯原料酿制白酒HCN含量不得大于5mg/L；以代用品原料酿制白酒HCN含量不得大于2mg/L.
使用上述原料酿酒时，可对原料进行预处理以减少毒性。预处理的方法有用热水浸泡、晾晒、清蒸，也可使用酶制剂分解前体物。
（五）其他有害成分
糖醛对人体也有害。只用玉米芯、稻壳、麸皮等辅料都会生成糖醛。在可能的情况下减少辅料用量并清蒸辅料减少其含量。
黄曲霉毒素：玉米、大米等粮食原料，如果贮存不当发霉变质，就会产生黄曲霉毒素。
黄曲霉毒素是极强的致癌物，尤其容易诱发肝癌。
原料的农药残留也有可能进入酒中。
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