元明清时期，随着经济、文化的进步，医药学有了新的发展。药酒在整理前人经验、创制新配方、发展配制法等方面都取得了新的成就，使药酒的制备达到了更高的水平。
这一时期，我国已积累了大大量医学文献，前人的宝贵经验受到了元明清时期医家的普遍重视，因而，在元明清时期，出版不少著作，为整理前人的经验做出了重要的贡献。《饮膳正要》就是这个时期产生的现国第一部营养学专著。共3卷，天历三年（1330）成书。
忽思慧为蒙古族官营养学，任宫廷饮膳太医时，将历代来亲侍进用奇珍异馔、汤膏煎造，及清家本部、名医方术，并日所必用之谷肉果蔬，取其性味补益者，集成一书。书中关于饮酒避忌的内容，是很有道理的，具有重要的价值。书中的一些补酒，虽没有详细记载，但都是颇为有效的。
明代伟大的医学家李时珍写成了举世闻名的《本草纲目》，共52卷，万历六年(1578年)成书。该书集我国历代药物学、植物学之大成，广泛涉及食品学、营养学、化学等学科。该书在收集附方时，收集了大量前人和当代人的药酒配方。
卷25酒条下，设有“附诸药酒方”的专目，他本着“辑其简要者，以备参考。药品多者，不能尽录”的原则，辑药酒69种。除此之外，《本草纲目》在各药条目的附方中，也往往附有药酒配方，内容丰富。据统计《本草朝目》中共甘药南方约为200多种。这些配方绝大多数是便方，具有用药少、简便易行的特点。
《遵生八筏》是明代高濂所著的养生食疗专著，共19卷，约成书于万历十九年(1591年)，全书40多万字，分为八笺，以祛病延年为中心，涉及医药气功、饮馔食疗、文学艺术等。其中的《饮馔服食笺》共有3卷，收酿造类内容17条。酿造类中的碧香酒、地黄酒、羊羔酒等，均为宋代以来的名酒。其中一些是极有价值的滋补酒。此外，在《遵生八笺》中的《灵秘丹药笺》中还有30多种药酒。
《随息居饮食谱》是清代王孟英所编撰的一部食疗名著，书中的烧酒条下附有7种保健药酒的配方、制法和疗效。
这些药酒大多以烧酒为酒基，与明代以前的药酒以黄酒为酒基有明显的区别。以烧酒为酒基，可增加药中有效成分溶解。这是近现代以来，药酒及滋补酒类制造上的一大特点。明清时期也是药酒新配方不断涌现的时期。
明代吴某的《扶寿精方》，龚庭贤的《万病回春》、(寿世保元》，清代孙伟的《良朋汇集经验神方》，陶承熹的《惠直堂经 验方》项友清的《侗寿录》，王孟英的《随息居饮食谱》等都记载着不少明清时期出现的新方。
