大曲微生物的来源主要有空气、水、原料、辅料、器具和房屋环境等方面，而且一般规律为空气细菌多，原料霉菌多，场地酵母菌多。
1、空气
空气素有微生物的天然运输者之称，无论是土壤、水域、动植物之中的微生物，只要被卷入空中就会被带到远离原地而落入其他诸如制曲场地的地方。由于空气中缺乏营养物质和足够的水份，所以微生物在空气中不会有大量的繁殖，特别是光照直射也不利于微生物的发育。
空气中的微生物在数量和种类上受季节影响大，如冬天细菌多于夏天，霉菌和酵母菌夏天多于冬天等，才出现了制“伏曲”、南方曲优于北方曲的客观现象。
2、水
微生物之所以能在水中大量存在和生长繁殖，是因为水中有机物可作为其营养，微生物在水中的数量取决于水质。水源不同，微生物的种类不同。天然水中的微生物以杆菌居多，土地水份中微生物的品种和数量都较多，以芽孢杆菌为主，下水道所含微生物以寄生菌和腐生菌为主。
3、原料
制曲原料在未经过任何化学的、物理的（高温、高压）处理时，其微生物含量非常丰富。以小麦为例，每1g小麦含霉菌7.3×103个，酵母菌4.39×104个，细菌2.85×105个。所以说，原料是大曲微生物的重要来源。
4、器具
大曲生产的器具可以网罗微生物，还有储备“残留”微生物的特点。
器具中不可忽视的是曲室和生产中使用的糠壳、草帘或谷草物品，这两个环节的微生物不但品种数量多，且是经老熟驯化后的“精品”即优良菌，起到了提供菌源的作用，从而促进发酵向有益方面进行。
