汉代，随着中药方剂的发展，药酒便逐渐成为其中的一个部分，其表现是临床应用的针对性大大加强.所以其疗效也进一步得到提高，如《使记.扁鹊仓公列传》收载了西汉名医淳于意的25个医案，这是我国目前所见最早的医案记载，其中列举了两例以东酒治病的医案:一个是济北王惠“风蹶肠满”病，服了淳于意配的三石药酒，得到治愈;另一个是苗川有个王美人患难产，淳于意用莨著酒治愈，并产下一婴孩。
东汉张仲景《伤寒杂病论》中，则载有“妇人六十二种风，腹中血气刺痛，红兰花酒主之”。红兰花功能行血活血，用酒煎更加强药效，使气血通畅，则腹痛自止。此外，栝楼薤白白酒汤等，也是药酒的一种剂型，借酒气轻扬，能引药上行，达到通阳散结，豁痰逐饮的目的，以治疗胸痹。至于他在书中记载以酒煎药或服药的方例，则更为普遍。
魏晋南北朝开始用药曲酿酒，使药酒既有大曲酒的风味，又有中草药的芳香，还有健身祛病的妙用，堪称酿酒史上的独创。如《齐民要术》对药酒的酿造方法，特别是对浸药专用酒的制作，从曲的选择到酿造步骤都做了较为详细的说明，提出了热浸药酒的新方法。
《肘后备急方》载有海藻酒、桃仁酒、金牙酒、猪胰酒等药酒配方，列有浸清、煮等制作药酒的方法。《本草经集注》对药酒的浸制方法进行了比较详细的论述，提出“凡渍药酒，皆经细切，生绢袋盛之,乃人酒密封，随寒暑数日，视其浓烈，便可滤出，不必待至酒尽也。渣可暴燥微捣，更清饮之，亦可散服”，并指出71种药物(包括矿石类药物9种、植物类药物35种和动物类药物27种)不宜浸酒。
这一时期，药酒的制作方法不断完善，配制处方持续增加，临床应用不断拓展，制作技术开始传到日本、朝鲜、印度等国家，出现了用药酒行刑和平叛的记载。如北魏高祖太和二十年(496年)，废太子恂被“椒酒”麻醉后行刑而死;诛杀彭城王勰，则是“乃饮毒酒武士就杀之”。也出现了关于酒的性味功用的最早记载。如《名医别录》认为酒“味苦，甘辛，大热，有毒。主行药势，杀邪恶气”。
唐宋时期，药酒补酒的酿造较为盛行。这一期间的一些医药巨著文《备急千金要方》、《外台秘要》、《太平圣惠方》、《怪济总录》都收录了大量的药酒和补酒的配方和制法。如《备急千金要方》卷7设“酒醴”专节，卷12“风虚杂补酒，煎”专节。《仟金翼方》卷16设“诸酒”专节。《外台秘要》卷31设“古今诸家酒方”专节。
宋代《太平圣惠方》所设的药酒专节多达6处。除了这些专节外，还有大量的散方见于其他章节中。唐朱时期，由于饮酒风气浓厚，社会上酗酒者也渐多，解酒、戒酒似乎也很有必要，故在这些医学著作中，解酒、戒酒方也应运而生。有人统计过，在上述4部书中这方面的药方多达100多例。
唐宋时期的药酒配方中，用药味数较多的复方药酒所占的比例明显提高, 这是当时的显著特点。复方的增多表明药酒制备整体水平的提高。唐宋时期，药酒的制法有酿造法、冷浸法、热设法，以前两者为主。《圣济总录》中有多例药酒采用隔水加热的“煮出法”。
